تواجه اللجنة البارالمبية صعوبات في علاقتها مع الاتحاد المصري لرياضات اللاعبين ذوي الشلل الدماغي.
حيث تم تحديد ضرورة عقد جمعية تأسيسية من قبل اللجنة، بسبب حل الاتحاد الدولي للشلل الدماغي. وعلى الرغم من أن الاتحاد المصري هو العضو الوحيد والممثل الوحيد لمصر في الاتحاد الدولي، فإن هذه المواقف تأتي نتيجة لنجاحات اتحاد الشلل الدماغي في مختلف الأصعدة، حيث تأهل للمشاركة في أولمبياد باريس 2024.
وعلى الرغم من ذلك، فإن الصورة ليست واضحة بالنسبة للالعاب التي تشرف عليها اللجنة، بالإضافة إلى عدم حصولها على عضوية الاتحاد الدولي للقدرة الرياضية، بسبب عدم دفع الاشتراك السنوي منذ عام 2018.
وتعتبر هذه المشاكل تصفية حسابات بين رئيس اللجنة وكلاً من د. أحمد آدم رئيس مجلس إدارة الاتحاد، وإبراهيم أمين، أمين صندوق الاتحاد، وذلك بسبب انتخابات اللجنة البارالمبية السابقة.